Der Mugen 6 zeichnet sich durch einen stark überarbeiteten Kühlkörper aus. Außerdem wird er mit einen Scythe Wonder Tornado 120-mm-Lüfter . Der Kühlkörper bietet eine um 45 % erhöhte Lamellenanzahl, behält aber gleichzeitig eine Höhe von nur 154 mm bei. Durch diese Anordnung mit höherer Lamellendichte wird eine verbesserte Wärmelableitung erreicht. Der Lüfter verfügt über ein 9-Blatt-Vortex-Design und das zuverlässige Sealed Precision Fluid Dynamic Bearing. Das einfach zu installierende H.P.M.S. V Montagesystem bietet optimalen Anpressdruck und Kompatibilität mit den neuesten CPU-Sockeln, einschließlich Intels LGA 1700 und AMDs AM5.